Mirko Slomka begann seine Trainerkarriere bei Hannover 96 wo er zehn Jahre im Jugendbereich tätig war und unter anderem spätere Nationalspieler wie Gerald Asamoah, Sebastian Kehl, Fabian Ernst, Rafael Schäfer, und Volkan Arslan aufbaute.

Nach einer Zwischenstation bei TeBe Berlin als Nachwuchskoordinator, U 19 Trainer und Coach der Regionalliga, kehrte er als Co-Trainer von Ralf Rangnick nach Hannover zurück. Nach drei erfolgreichen Jahren folgte er diesem zu Schalke 04 und übernahm dort nach gut einem Jahr den Chefposten.

Er führte Schalke 04 in seinem ersten Jahr als Cheftrainer in das Halbfinale des UEFA-Pokals. Im Jahr darauf wurden die Blau-Weißen unter seiner Führung deutscher Vizemeister und sicherten sich damit die direkte Championsleague-Qualifikation. Hier mussten sich Slomka und Schalke 04 erst im Viertelfinale dem FC Barcelona knapp geschlagen geben. Auch beim FC Schalke 04 setzte Mirko Slomka auf die Nachwüchsförderung. Manuel Neuer, Benedikt Höwedes und Mesut Özil bestritten unter dem Trainer ihre ersten Bundesligaspiele. Auch ihre ersten internationalen Einsätze in der Champions League oder der Euroleague haben die jungen Talente Mirko Slomka zu verdanken.

Im Januar 2010 übernahm Mirko Slomka den abstiegsbedrohten Bundesligisten Hannover 96, der in Folge des dramatischen Todes von Nationaltorwart Robert Enke in einer außergewöhnlich schwierigen und komplizierten Situation war. Es gelang in einem spannenden Saisonfinale der Klassenerhalt.

Mittlerweile hat er das Team in der vordere Region der Bundesliga geführt.